大津クリーンセンターの焼却施設が2014年3月に操業停止したにも関わらず、越直美市長が、大石学区自治連合会と「覚書」を締結し、地区環境整備事業（迷惑料）5739万円を、大石自治連合会と７つの自治会へ支出していたことが、関係者への取材と情報公開請求資料により分かった。迷惑料は焼却炉が稼働していた時に比べ、2倍以上に跳ね上がっている。迷惑料を支払い続けている理由について大津市は「稼働停止後もリサイクル施設が残っているから」と説明している。
大津市のホームページに掲載されている「市政日記」によると、越市長は2014年3月28日、大津クリーンセンターへ出向き、焼却炉の火納め式であいさつしている。一方、火納め式と同月、越市長は地元の大石学区自治連合会との間で、大津クリーンセンターの覚書を締結。覚書によると、破砕施設及び再資源化施設の操業、埋立てが終了した処分場の管理に対し、迷惑料を支出するとしている。
所管の大津市施設整備課の説明では、大津クリーンセンターの焼却施設は閉鎖したが、リサイクル施設が残っているため、6年後の2020年（平成32年）まで迷惑料を支払い続けるとしている。焼却施設や埋立処分場が稼動していないのに、周辺自治会と自治連合会へ迷惑料を支出する自治体は、全国的にも珍しい。例えば京都市は、廃棄物処分場のある自治会へ迷惑料を支出していない。
覚書は、大津クリーンセンターがある地元の自治会長ではなく、大石学区自治連合会長が大津市と締結している。焼却炉が稼動していた2013年度は、2557万円を支出。焼却炉が閉鎖した後の2014年度は年5739万円に増額し、稼動していた時より、閉鎖した後に２倍以上の迷惑料を支払っている。
↓2014年度・地区環境整備事業／大津クリーンセンター（焼却施設閉鎖）約5700万円
↓2013年度・地区環境整備事業／大津クリーンセンター（焼却施設稼働）約2500万円
