琵琶湖市民清掃では、大津市が保有しているパッカー車を稼働させない一方、無許可業者に謝礼金を支払い、一般廃棄物を市の処分場に搬入させていたという実態が明るみになった。こうした現状について、環境省 大臣官房 廃棄物・リサイクル対策部の担当職員は取材に対し、慎重に言葉を選びつつ、「廃棄物処理については各市町村が担当している。行政が（この状態を）指導しないというのは想定外の問題だ」と疑念を呈した。
環境省の担当者は、昨年７月に仮置き場で行われたごみの搬入や分別作業の様子を、100点を超える写真で確認した。そのうえで、廃棄物処理法に基づいて、規制に当たるべき行政（大津市）が、規制される側（大津市自治連合会が中核となっている任意団体「琵琶湖を美しくする運動実践本部」）と一体となって、仕組みを作り、作業に当たっている点に注目。仮置き場での処分風景の写真を見て「大津市は説明がつかないのではないか」と話した。さらに「滋賀県は何をやっているのか」とも述べ、県にも市にも問題があるとの見方を示した。
環境省に対するヒアリングは今年3月、本省（東京都千代田区）の情報公開閲覧室で約３０分間行われた。担当職員は琵琶湖市民清掃における問題は「初耳だ」と、熱心に耳を傾けていた。最後に「大津ＷＥＢ新報ホームページを覗いてみます」と話した。
※環境省・情報公開閲覧室の担当者が、「お読みになったらいかがですか」と渡してくれた解説本。国の担当者は懇切丁寧だった。
